ES Paukščių direktyvoje ir Buveinių direktyvoje pateikti visoje bendrijoje saugomų augalų ir gyvūnų rūšių sąrašai. ES narės yra įsipareigojusios siekti geros šių rūšių būklės, rinkti apie jas duomenis ir teikti ataskaitas. Lietuvoje aptinkama 101 Europos Bendrijos (EB) svarbos rūšis, neskaitant paukščių. Visos laukinių paukščių rūšys pagal Paukščių direktyvą turėtų būti saugomos. ES šalys narės kas 6 metus pateikia Europos Komisijai ataskaitą apie savo teritorijoje esančių rūšių būklę, šiais duomenimis paremtas Europos gamtos būklės vertinimas[5].

Lietuvos 2019 m. duomenimis, EB svarbos rūšių, kurių būklė buvo gera, daugėjo, tačiau jų vis dar buvo tik trečdalis. Deja, taip pat išaugo skaičius rūšių, kurių būklė bloga, o beveik penktadalio būklė buvo išvis nežinoma. Ne geresnę situaciją rodė ir paukščių stebėjimo duomenys. Iš jų matyti, kad mažėjo paukščių rūšių, kurių populiacijos yra stabilios ar augančios. Tuo pat metu fiksuota vis daugiau rūšių, kurių populiacija mažėja arba yra nežinoma. Svarbu paminėti, kad skirtumus tarp metų iš dalies gali lemti ir metodiniai pokyčiai.

Nors ES Biologinės įvairovės strategijoje numatyta, kad iki 2030 m. rūšių nykimas turi būti sustabdytas, pastarąjį dešimtmetį buvo judama priešinga kryptimi. Norint siekti pažangos, reikalingi skubūs pokyčiai biologinės įvairovės apsaugos politikoje ir turi būti skiriama daug daugiau dėmesio rūšių būklės stebėsenai.

Vertinti ekosistemų būklę padeda įprastų rūšių gausos stebėsena, kai pasirenkamos tam tikros šaliai įprastos gyvūnų rūšys ir kasmet stebima jų gausa bei vertinami pokyčiai – taip sudaromi vadinami įprastų rūšių arba tam tikrų jų grupių gausos indeksai. Blogėjančios įprastų rūšių būklės tendencijos atspindi ir ekosistemos būklės prastėjimą. Pasaulyje populiariausi yra paukščių ir vabzdžių apdulkintojų indeksai. Lietuvoje iki šiol buvo skaičiuojamas tik kaimiško kraštovaizdžio paukščių indeksas (KPPI). Jis leidžia patikimai įvertinti žemės ūkio daromą įtaką biologinei įvairovei.

Nuo 2000 m. Lietuvos agrariniame kraštovaizdyje paukščių gausa sumažėjo daugiau nei per pusę (54,76 %). Devynerių metų laikotarpiu šis rodiklis blogėjo, o 2022 m. jo reikšmė buvo blogiausia per visą stebėjimo laikotarpį. Tai rodo, kad visos biologinės įvairovės būklė agrariniame kraštovaizdyje taip pat ženkliai pablogėjo. Nustatyta, kad žemės ūkio intensyvinimas, ypač pesticidų ir trąšų naudojimas, yra pagrindiniai nepalankūs veiksniai, lemiantys daugumos paukščių populiacijų mažėjimą[11].

Lietuvoje nėra stebimas miškams įprastų paukščių indeksas, kuris leistų įvertinti miškų ūkinės veiklos daromą įtaką biologinei įvairovei. 2021 m. parengta studija[12] leido tikėtis, kad greitu metu toks indeksas bus pradėtas skaičiuoti, tačiau 2023 m. šie planai nebeminimi.

Lietuvoje nėra stebimas ir vabzdžių apdulkintojų indeksas, kuris suteiktų daugiau informacijos apie agrariniame kraštovaizdyje vykstančius pokyčius ir grėsmes[13]. Ši informacija būtų tiesiogiai naudinga ir ūkininkams, nes nuo apdulkintojų būklės priklauso augalų derlius.

Kad išliktų rūšys ir jų bendrijos, turi būti saugomos natūralios gamtos buveinės, kurios yra rūšių „namai“. ES Buveinių direktyva įpareigoja Europos šalis užtikrinti išlikusių buveinių gerą būklę. Lietuvoje yra išskirti 54 Europos bendrijos (EB) svarbos natūralių buveinių tipai, apimantys miškus, pakrantes, smėlynus, šlapynes, pievas ir kt. ES šalys narės kas 6 m. atlieka buveinių būklės vertinimus.

2025 m. vertinimu, blogos būklės buveinių tipų reikšmingai padaugėjo – šiuo metu blogos būklės yra 32 buveinių tipai, o geros būklės – tik 4. Nei viena iš augalų, vabzdžių, gyvūnų apsaugai svarbių pievų, pelkių ir smėlynų buveinių nėra palankios būklės. Tik vienas miškų buveinių tipas – Griovų ir šlaitų miškai – yra geros būklės, mat prie jų sunku privažiuoti kirtimo technikai. Kai buveinės nebėra tinkamos rūšims, nes apskritai yra sunaikintos ar kinta jų struktūra, ar nepakanka ploto, tai neigiamai veikia visas nuo tų buveinių priklausomas gyvybės rūšis. 

Šie duomenys rodo, kad Lietuva nesiėmė reikiamų veiksmų per pastaruosius šešerius metus. Lietuva įtraukė pažadus į 2021-2030 m. nacionalinį pažangos planą su numatomais pažangos rodikliais kaip tik šiems – 2025-siems – metams. 2020 metais patvirtintame 2021–2030 metų nacionaliniame pažangos plane buvo numatyta, kad iki 2025 m. turi pagerėti 10 % buveinių būklė ir pagerėti bent 15 % rūšių būklė. Deja, realybėje pažangos nėra.

EB svarbos buveinėms ir rūšims saugoti formuojamas vieningas Europos saugomų teritorijų tinklas „Natura 2000“[16]. Šis tinklas Lietuvoje vis dar nėra baigtas formuoti, nes jis apima nepakankamą buveinių plotą ir neužtikrina reikiamos gamtos vertybių apsaugos. Tai prieštarauja ir Lietuvos tarptautiniams įsipareigojimams, todėl 2018 m. ir 2020 m. Europos Komisija pradėjo dvi pažeidimų procedūras prieš Lietuvą. 2025 m. pabaigoje šie pažeidimai yra vis dar atviri[17].

Dėl pradėtų pažeidimų įvyko ir pozityvus pokytis – daug buveinių tinkle uždėta reali apsauga (pagaliau!). Tai labai svarbus žingsnis, įvykęs per šį laikotarpį, kuris turėtų pristabdyti būklės blogėjimą. Gaila, kad Lietuvos gamta labiau rūpinasi Europos Komisija, o ne mūsų institucijos.

Svarbu siekti, kad visa Natura 2000 tinklo teritorija būtų palanki gamtai – šiuo metu gerokai daugiau nei pusėje šio tinklo leidžiama intensyvi gamtai nedraugiška ūkinė veikla. Iš ūkinių veiklų didžiausią grėsmę natūralioms buveinėms kelia miškininkystė, žemės ūkis ir infrastruktūros plėtra[18]. Taip pat didelę neigiamą įtaką daro invazinės rūšys bei natūralūs ekosistemų procesai, pavyzdžiui, apleistų pievų užaugimas mišku.

Dabar viltys dedamos į pradedamą rengti Nacionalinį gamtos atkūrimo planą, kuris vėlgi turėtų numatyti tikslus ir priemones, kaip Lietuva pasieks, kad gamtos būklė pagaliau taptų gera. Labai reikia, kad šį kartą tai būtų veikiantis planas, apimtų visas su gamtos naudojimu ir apsauga susijusias institucijas, darbams būtų skiriamas reikiamas finansavimas ir darbai būtų vykdomi.

Europoje didžiausią vaidmenį prarandant biologinę įvairovę ir ekosistemų paslaugas vaidina pasikeitimai žemės naudojime, t.y. šlapynių, pievų, miškų žemės pokyčiai[22]. Todėl tai yra vienas pagrindinių rodiklių, kuriuo vertinamos gamtos apsaugos perspektyvos.

Didžiausi žemėnaudos pokyčiai vyksta tarp pievų ir dirbamos žemės. Paskelbus šalies nepriklausomybę, žemės ūkis traukėsi, apleisti dirbami laukai virto pievomis. 2004 m. įstojus į Europos Sąjungą šis procesas apsivertė dėl Lietuvoje taikomos ES paramos žemės ūkiui politikos. Pievų pavertimas dirbama žeme yra rimta problema, nes tai daro žalą biologinei įvairovei ir lemia augančius šiltnamio dujų išmetimus. Intensyviai dirbami laukai yra itin nepalanki terpė natūralioms rūšims, dažnai jie tinkami tik auginamiems kultūriniams augalams.

Nuo 1990 m. Lietuvoje nuosekliai auga miškų plotas. Vis dėlto, šis miškų ploto augimas vyksta per lėtai ir daugiausia pievų bei šlapynių sąskaita, tai reiškia – keliant grėsmę jų ekosistemoms. Bloga tendencija, kad palaipsniui mažėja savaiminių ir daugėja kultūrinių medynų.[23] Lietuvoje mažėja šlapynių ir didėja užstatytų teritorijų plotas.

Žemės naudojimo pokyčiai turi ir turės esminę įtaką tam, ar ir toliau tęsis buveinių degradacija bei rūšių nykimas. Derinant interesus žemėnaudoje svarbiu įrankiu turėtų būti integruotas teritorijų planavimas ir įveiklintas gamtinis karkasas.

Tam, kad biologinė įvairovė iki 2030 m. atsigautų, reikia intensyvinti pastangas gamtos apsaugai užtikrinti ir gamtai atkurti. Viena pagrindinių priemonių – gerinti ir plėsti saugomų teritorijų tinklą. Gamtos vertybėms išskirtos saugomos teritorijos turėtų sudaryti bent 30 % viso šalies ploto, jų apsauga turėtų būti veiksminga, o trečdaliui saugomų teritorijų (taigi, 10 % viso ploto) turėtų galioti griežtos apsaugos statusas[28]. Tokius tikslus turėtų kelti visos šalys, kurioms rūpi sustabdyti nykimą ir pradėti biologinės įvairovės atsigavimą.

Lietuvoje saugomų teritorijų sistemą sudaro nacionalinės saugomos teritorijos ir bendras Europos „Natura 2000“ tinklas. Jų plotai didžiąja dalimi persidengia.

Reaguodama į Europos Komisijos pradėtas pažeidimų procedūras[29] Lietuva plečia „Natura 2000“ tinklą, nustato apsaugos tikslus. 2023 m. visos saugomos teritorijos sudaro 18,40 % Lietuvos ploto[30]. Griežtai saugomi yra tik rezervatai, kurių plotas itin mažas ir sudaro 0,6 % Lietuvos ploto (3,4 % saugomų teritorijų ploto). 2023 m. minėti pažeidimai yra vis dar atviri.

Saugomos teritorijos statusas neužtikrina gamtos vertybių apsaugos. Daug teritorijų vis dar neturi apibrėžtų apsaugos tikslų[31]. Didžiojoje dalyje saugomų teritorijų leidžiama intensyvi ūkinė veikla. 2023 m. gruodžio mėn. Lietuvos vyriausiojo administracinio teismo nutartis patvirtino, kad planuojant kirtimus „Natura 2000“ tinkle turi būti daromas poveikio aplinkai vertinimas, o jo neužtikrinančios institucijos pažeidžia įstatymus ir ES teisę[32]. Po teismo nutarties „Natura 2000“ tinkle pradėtas kirtimų poveikio vertiniams.